Studia doktoranckie na Wydziale Filozoficznym prowadzone są do roku 2023 w zakresie nauk humanistycznych na kierunkach filozofia, kulturoznawstwo i religioznawstwo oraz w zakresie nauk społecznych na kierunkach pedagogika, psychologia i socjologia. W obrębie obu dziedzin oferowane są "Międzynarodowe studia doktoranckie z zakresu social-cognitive-neuroscience: CogNeS" prowadzone w języku angielskim.
Dotychczasowe studia doktoranckie (studia trzeciego stopnia) zastąpiono kształceniem doktorantów w szkołach doktorskich. Szkoły są nowymi instytucjami powołanymi do życia w wyniku reformy szkolnictwa wyższego wprowadzanej przepisami nowej ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, tzw. Ustawy 2.0.
Uniwersytet Jagielloński powołał cztery szkoły doktorskie:
Szkołę Doktorską Nauk Humanistycznych,
Szkołę Doktorską Nauk Społecznych,
Szkołę Doktorską Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu,
Szkołę Doktorską Nauk Ścisłych i Przyrodniczych.